Bunnen i indre deler av Sandefjordsfjorden er forurenset av miljøgifter og tungmetaller. Det er nå gjennomført en helhetlig undersøkelse av fjorden fra Tranga og til havneområdet. Resultat av undersøkelsene viser tildels høye konsentrasjoner av kvikksølv, PCB, PAH, kobber og TBT. Innholdet av PCB i torskelever er vesentlig høyere enn det Mattilsynet setter som grenseverdi.

Mattilsynet fraråder å spise lever av fisk tatt i Sandefjordsfjorden med bakgrunn i et til dels høyt innhold av enkelte miljøgifter. Med det videreføres allerede innført kostholdsråd for Sandefjordsfjorden. Advarselen gis på bakgrunn av en ny undersøkelse (2011) av torskelever fra bl.a. Sandefjordsfjorden.

Det utføres fortiden mudring ved Sandefjord havn (desember 2010). Mudringen har til hensikt å oppnå økt seilingsdybde og fjerne forurenset sjøbunnen. Mindre miljøgifter vil med det være tilgjengelig for omsetning i den marine næringskjeden i Sandefjordsfjorden. Rundt 500 billass med muddermasse vil bli kjørt bort og deponert ved Tønsberg Fyllplass. Et Sandefjordbasert firma står for mudringen på vegne av Sandefjord Havnevesen. 

Det har i sommer (2010) fortsatt vært litt aktivitet langs kaikanten ved Jotuns anlegg på Gimle ved Sandefjordsfjorden. Som et ledd i oppfølgingen etter miljøtiltakene som ble utført i 2009, er det nå satt ut forskjellige betongelementer som kan tjene som ”boliger” for fisk og krepsdyr.

Jotun A/S har gjennomført tiltak for å fjerne og tildekke gammel forurensning i sjøbunnen utenfor anlegget på Gimle.

Det er denne uken (uke 18 - 2010) tatt ut en rekke prøver av sjøbunnen i Sandefjordsfjorden i området fra Tranga inn til havna. Dette for å undersøke nivået av miljøgifter. Foruten å ta ut prøver av sjøbunnen er det satt ut sedimentfeller som skal gi oss bedre kunnskap om transporten av forurenset sjøbunn (sedimenter) i fjorden. Undersøkelsene skal få frem innholdet av miljøgifter i sjøbunnen og hvilke effekter disse har på miljøet for en samlet fjord. Det er også tatt ut prøver av slam og vann i avløpsnettet i byen for å se om nettet tilfører fjorden miljøgifter. Undersøkelsene skal danne beslutningsgrunnlag i en tiltaksplan som skal utarbeides.

I en nylig avsluttet rapport fra NIVAer det lagt frem forslag til gjennomføring av nye undersøkelser som foreslås gjennomført i forbindelse utforming av en helhetlig tiltaksplan for Sandefjordsfjorden. Rapporten har dessuten samlet alle eksiterende data for miljøtilstanden i fjorden og lagt frem forslag til miljømål.

Sandefjord Havnevesen skal utføre miljømudring i indre havn. Mudring skal gjennomføres både for å oppnå økt seilingsdybde og for å fjerne forurenset sjøbunn. Sterkt forurensede masser fjernes for å oppnå Sandefjord kommunes miljømål for sjøbunnen i havnebassenget. Fylkesmannen har gitt tillatelse til tiltaket.

Deler av Sandefjordsfjorden har høy grad av forurensning. I tillegg er det påvist spredning av forurensning i fjorden. Det er derfor ikke naturlig å rydde opp bitvis. Aktuelle oppryddingstiltak må ses i sammenheng. Det viser en rapport fra Veritas.